Lãnh đạo Liên đoàn
1. Lãnh đạo Liên đoàn Vật lý Địa chất có Liên Đoàn trưởng và các Phó Liên đoàn trưởng. Số lượng Phó Liên đoàn trưởng thực hiện theo quy định của pháp luật.
2. Liên Đoàn trưởng Liên đoàn Vật lý Địa chất chịu trách nhiệm trước Cục trưởng và pháp luật về mọi hoạt động của Liên đoàn; ban hành các quy chế, quy định nội bộ của đơn vị.
3. Phó Liên đoàn trưởng giúp việc Liên đoàn trưởng, chịu trách nhiệm trước Liên đoàn trưởng và trước pháp luật về lĩnh vực công tác được Liên đoàn trưởng phân công.
Bộ máy giúp việc Liên Đoàn trưởng
1. Phòng Tổ chức – Hành chính.
2. Phòng Kỹ thuật
3. Phòng Kế hoạch – Tài chính
Các đơn vị trực thuộc Liên đoàn
4. Đoàn Địa vật lý Hàng Không; Trụ sở tại thành phố Hà Nội.
5. Đoàn Địa vật lý Mặt đất; trụ sở tại thành phố Hà Nội.
6. Đoàn Địa vật lý Biển; trụ sở tại thành phố Hà Nội.
7. Trung tâm Công nghệ và Kiểm định máy Địa vật lý; trụ sở tại TP Hà Nội
Các đơn vị từ khoản 4 đến khoản 7 Điều này có con dấu, hạch toán phụ thuộc và được mở tài khoản tại Ngân hàng theo quy định.
Liên đoàn trưởng Liên đoàn Vật lý Địa chất trình Cục trưởng quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đoàn, trung tâm trực thuộc Liên đoàn; quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các phòng trực thuộc Liên đoàn.